Tot de vaste waarden van het museum behoort de collectie middeleeuwse houtsculptuur uit de 13de tot en met de 16de eeuw. Het geografisch accent ligt op de regio Brabant en het Maasland met in de hoofdrol werk van de Meester van Elsloo en Jan van Steffeswert.

Uit de Romaanse en de vroege Gotische periode zijn maar weinig houten beelden uit het Maasgebied overgeleverd. Toch kan aan de hand van enkele bewaard gebleven voorbeelden worden vastgesteld dat, behalve de steensculptuur, ook de houtsculptuur hier gedurende deze periode tot grote bloei was gekomen.

Tegen het einde van de Middeleeuwen kent de houtsculptuur in het Maasgebied een grote ontwikkeling. De Meester van Elsloo en Jan van Steffeswert speelden in deze bloeiperiode een belangrijke rol. De Meester van Elsloo, een anonieme beeldsnijder, dankt zijn noodnaam aan de plaats Elsloo, alwaar zich in de Augustinuskerk zijn belangrijkste werk bevindt, een indrukwekkende Anna-te-Drieën.

De Maastrichtse beeldsnijder Jan van Steffeswert (ca. 1460 – ca. 1531) was zijn tijd ver vooruit door zijn werk niet alleen van een meesterteken te voorzien, maar bovendien ook te signeren. Zo zijn van hem tot dusver 14 gesigneerde werken bekend. Hoogtepunten in de verzameling van het Bonnefantenmuseum vormen een staande Vrouwelijke Heilige uit 1501, en een recent verworven knielende Maria Magdalena uit omstreeks 1525.