Support
Het Bonnefantenmuseum ondervindt steun van vele kanten.
Subsidie
Allereerst ontvangt het museum stucturele subsidie van de Provincie Limburg, die het grootste deel van de financiering (ruim 70%) van het museum voor haar rekening neemt. Er is ook incidentele steun van o.m. Gemeente Maastricht, Mondriaan Stichting, Vereniging Rembrant e.a.
Sponsoring
Ook het bedrijfsleven heeft zich verbonden met het museum. Het museum prijst zich gelukkig met partners als de BankGiro Loterij en DSM.
Bruikleengevers
Veel dank is het museum verschuldigd aan het vertrouwen van haar bruikleengevers.
Vrienden
Niet in de laatste plaats wordt het museum omringd door Vrienden, actieve ambassadeurs van het Bonnefanten die middels hun aankoopfonds ook in financiele zin hun steentje bijdragen.