Alfred Jensen werd geboren in Guatamala City in 1903 als kind van een Deense vader en een Duits-Poolse moeder. In 1910 overleed zijn moeder en Jensen werd naar een school gestuurd in Denemarken en door een oom opgevangen. Van 1917 tot 1926 werkte hij als matroos en bevoer de wereldzeeën. In 1919 stierf zijn vader en tussen het varen door boerde hij op de boerderij in Guatamala. Na ook nog enige tijd doorgebracht te hebben op de San Diego Fine Arts School, monsterde hij aan op een Duits schip met als doel bij de schilder Hans Hofmann, die in München een academie gesticht had, in de leer te gaan.
Vervolgens verbleef hij van 1927 to 1937 in Parijs in de nabijheid van kunstenaars als Charles Despiau, Charles Dufresne en Auguste Herbin. De laatste bracht hem in aanraking met Goethe's kleurentheorie, die in zijn verdere leven een centrale rol zal spelen. In 1938 vestigde hij zich in de Verenigde Staten. In 1951 had hij een vaste stek in New York en raakte zeer bevriend met Mark Rothko en even later met Sam Francis. Goethe op de voet volgend, maakte Jensen zijn eerste schaakbordmotief schilderijen.
In 1961 had hij zijn eerste belangrijke solo-expositie en wel in het Guggenheim Museum, NY. Hij raakte even later onder de invloed van het Maya hiërogliefschrift, dat als een tweede thema door zijn werk verweven werd.
Vanaf 1970 werden er thema's als fysica en astronomie aan toegevoegd en even later de I Ching en de leer van het Orakel van Delphi evenals de leer van Shang gebaseerd op getallen (reeksen) uit de veertiende tot elfde eeuw voor Christus. De vele diagrammen, die de basis van Jensen's schilderkunst vormen, zijn daar het gevolg van. Hij geloofde in de universele orde in menselijke zaken én in een eeuwige orde in die van God.